شالوده حسابرسی داخلی، بر شناخت مدیریت سازمانی مبتنی است. مدیریت، سه نوع مسئولیت عمده و اساسی را به عهده دارد: برنامه ریزی، سازماندهی و هدایت فعالیت ها در راستای هدف ها و سیاست های کلی سازمان.
مسئولیت های مدیریت را می توان در سه سطح استراتژیکی، تاکتیکی و عملیاتی طبقه بندی کرد. این سه سطح نیز مستلزم برنامه ریزی، سازماندهی و هدایت فعالیت هاست. تفاوت های این سه سطح اساساً به میزان توجه مدیریت و زمان بندی اجرا محدود می شود. مدیریت استراتژیک به کلی ترین، فراگیرترین و دراز مدت ترین موضوع ها می پردازد. مدیریت تاکتیکی بر چگونگی اجرای برنامه های استراتژیک تمرکز می کند و مدیریت عملیاتی به کارها و وظایف خاص و ضروری روزانه می پردازد. در واقع وظایف اصلی هر یک از اعضای مدیریت در سطوح مختلف، انجام مسئولیت های مربوط به خود است. اما، به دلیل این که فعالیت ها در سازمان، یکپارچه و به شدت به یکدیگر وابسته می باشد، هر یک از اعضای مدیریت سطوح مختلف، در ایفای وظایف و مسئولیت های مربوط به مدیریت استراتژیکی، تاکتیکی و عملیاتی سهیم می باشند.

در سازمان های بسیار کوچک، همه وظایف و مسئولیت های مدیریت توسط یک مدیر انجام می شود. با افزایش و گسترش حجم فعالیت های سازمان، به افراد و اعضای بیشتری برای انجام وظایف و مسئولیت های مدیریت نیاز است. در چنین مواردی است که سازمان مربوط، به ساختار سازمانی گسترده تری نیازمند می شود. انجام فعالیت ها در یک ساختار سازمانی گسترده مستلزم رعایت سیاست ها، استانداردها و روش هایی است که می توان آن را یک شبکه فراگیر کنترل دانست و عموماً به آن سیستم کنترل داخلی گویند. این کنترل ها را برای اعمال کنترل موثر بر فعالیت ها و عملیات بکار می گیرند. بنابر این واژه «کنترل» به شرایطی کلی و عمومی گفته می شود، در حالی که «کنترل ها» روش هایی است برای دستیابی به آن شرایط. همه فعالیت های مدیریت در سیستم های کنترلی انجام می شود و هر چه مدیریت بهتر باشد، احتمال دستیابی موثر به هدف اصلی کنترل داخلی بیشتر خواهد شد.

پیچیدگی های روزافزون سازمان های بزرگ باعث شده است تا این گونه سازمان ها برای نظارت و سرپرستی سیستم کنترل داخلی خود، به یک ابزار مناسب مدیریت نیاز داشته باشند. مدیریت این گونه سازمان ها در پی این است که سیستم های کنترلی، به خوبی طراحی و به درستی اعمال شود. چنانچه سیستم کنترل داخلی، نارسا باشد و به درستی اعمال نشود، صرف نظر از کوشش مدیریت در برنامه ریزی خوب و مناسب، سازمان از لحاظ دستیابی به هدف ها و برنامه های خود با خطر مواجه می شود.
از آنجا که مدیریت، مسئولیت سیستم کنترل داخلی را در سازمان به عهده دارد، بنابر این، برای ارزیابی عملکرد سیستم کنترل داخلی، به گونه ای فزاینده از خدمات حسابرسی داخلی به عنوان یک ابزار مدیریت استفاده می کند. حسابرسان داخلی برای وظایف و مسئولیت های مدیریت، مشابه یک دستگاه «باز خورد» عمل می کنند.
حسابرسان داخلی، سیستم کنترل داخلی را از دو دیدگاه طراحی و اثر بخشی مورد ارزیابی قرار می دهند. یک سیستم کنترل داخلی خوب این اطمینان را به وجود می آورد که واحد مورد رسیدگی با صرف هزینه های منطقی به هدف های خود دست می یابد. یک سیستم کنترل داخلی اثر بخش سیستمی است که هدفی را بدست آورد که برای آن، ایجاد شده است.

حسابرسان داخلی معمولاً به دلیل یکپارچگی زیاد کنترل های داخلی، همه سطوح و ابزارهای آن را آزمون می کنند. در هر حال، مدیران ارشد و دیگر مدیران رده بالای سازمان، عموماً مسئولیت ارزیابی عملکرد سازمانی را در قالب هدف ها و شیوه های راهبری مدیریت به عهده دارند.
ارزیابی عملکرد، بخشی از سیستم کنترل داخلی است. اما، حسابرسان داخلی به جای ارزیابی، مسئول تعیین درست و مناسب بودن شیوه های ارزیابی می باشند. این شیوه ها می تواند در چارچوب سیاست ها، استانداردها و روش ها بیان شود. مدیریت، تصمیم های مربوط به ارزیابی عملکرد را می گیرد. حسابرسان داخلی فرایند تصمیم گیری مدیریت را تا جایی ارزیابی می کنند که شامل ارزیابی عملکرد شخص مدیر نشود.