هدف از حسابرسی فناوری اطلاعات، کسب اطمینان از آن است که منابع فناوری اطلاعات، دستیابی اثر بخش به هدف های سازمانی و استفاده بهینه از منابع را میسر می سازند. حسابرسی فناوری اطلاعات، می تواند تحقق برنامه های کاربردی فناوری اطلاعات، عملیات فناوری اطلاعات، راهبری واحد فناوری اطلاعات، سیستم های برنامه ریزی منابع سازمانی، امنیت سیستم های اطلاعاتی، یافتن راه حل های تجاری، تدوین و توسعه سیستم و تداوم کسب و کار را امکان پذیر سازد.
همه این ها، زمینه های خاصی از پیاده سازی سیستم های اطلاعاتی یا ناظر بر ارزشی هستند که سیستم های اطلاعاتی می تواند ارائه نماید. نمونه هایی از هدف های حسابرسی فناوری اطلاعات عبارتند از:
*بررسی کنترل های سیستم های فناوری اطلاعات برای اطمینان یافتن از کفایت و اثر بخشی آن ها.
*ارزیابی فرایندهای مربوط به عملیات یک زمینه چون سیستم حقوق و دستمزد یا سیستم حسابداری مالی.
*ارزیابی عملکرد یک سیستم و امنیت آن، چون سیستم خرید بلیت قطار.
*بررسی فرایند تدوین و توسعه سیستم ها و رویه ها.